Brücke, gekreuzte Pferdeköpfe und eine Drei auf einem einteiligen silbernen Wappenschild mit schwarzem Hintergrund und eingegrabenen Wellen. Die gekreuzten Köpfe der Niedersachsen-rösser symbolisieren die Verbundenheit mit diesem Land und seiner Bevölkerung und zugleich die Zugehörigkeit zur 3.Panzerdivision, deren Soldaten sie seit 1962 auf rotem Grund als Verbands-abzeichen auf dem linken Oberarm der Dienst- und Ausgehuniform trugen. Diese gekreuzten Pferdeköpfe schmücken in Norddeutschland noch viele Bauernhäuser. Sie sollten einstmals den bösen Geistern das Eindringen in die Häuser verwehren. Die eingegrabenen Wellen stellen die Elbe dar, über die die Brücke, das Symbol der Pioniertruppe der Bundeswehr, den Bogen spannt.

Seit 1980 zeigt auch das Emblem an der Kopfbedeckung der deutschen Pioniere, dem roten Barett, diese Pionierbrücke. Schwarz ist seit 1810 in Preußen und später im Reichsheer die Farbe der Uniformkragen und Ärmelaufschläge der Pioniere und seit 1915 ihre traditionelle Waffenfarbe.

Das Wappen entstand 1963/64 in einem Wettbewerb im Bataillon und wurde später grafisch etwas vereinfacht. Die eingegrabenen Wellen lassen sich im Druck schlecht darstellen. Deshalb wurde der gesamte Wappenschild in schwarz gehalten. Weil die Ziffer 3 im Wappenschild nicht heraldischen Grundsätzen entspricht, ersetzten die Stader Pioniere sie 1988 – mit Genehmigung der Stadtverwaltung - durch den silbernen Schlüssel aus dem Wappen der Stadt Stade. Zugleich dokumentierte dies die Verbundenheit der Unterelbepioniere, der damals einzigen Pioniere der Bundeswehr an der Elbe, zu ihrer Garnisonstadt. Seit 1981 trugen die Soldaten des Pionier-bataillon 3 ihr Bataillonswappen als so genanntes internes Verbandsabzeichen auf einem Lederanhänger an der rechten Brusttasche der Uniform. Später wurde es auch an den Kraftfahrzeugen des Bataillons angebracht. Heute wird das Bataillonswappen des aufgelösten Pionierbataillon 3 von der Kameradschaft PIONIERE DER UNTERELBE e.V. in Stade geführt.